QED(Quadcap Embeddable Database)是一个速度快，但很小的纯java关系型数据库。支持SQL92标准，支持事务回滚。QED可以任意免费使用。
yaRDBMS (yet another relational database management system) 也是一个基于java的关系型数据库。支持事务，查询优化，灾难性恢复，索引支持。
Apache Derby 是一种高质量的、纯 Java™ 的嵌入式关系数据库引擎，IBM® 最近已将其捐献给开放源码社区。Derby 数据库基于文件系统，具有高度的可移植性，并且是轻量级的，这使得它非常便于发布。
Daffodil DB Java嵌入式数据库是一个独立平台且功能丰富的Java关系数据库管理系统。能提供多级连接是针对嵌入式的Java应用程序而设计。Daffodil DB嵌入式数据库可以在Java程序内直接集成，并且对终端用户是完全透明的。Daffodil DB 嵌入式数据库版本具有微小的内存耗...
TinySQL是一个轻量级的纯java数据库引擎，同时也再带一个jdbc驱动。
SMYLE 一个基于 LGPL 的高可靠性、高性能 Java 数据库，能够处理 100,000 行的表，支持多维索引、事务处理、崩溃及时恢复等特性。SMYLE 可以嵌入到应用中，不需要单独安装发布。
JODB是一个面向对象开源数据库。该数据库使用缓存机制来避免占用太多内存。在查询时也尽可能减少实例化对象以避免进行过多地垃圾收集。
NeoDatis ODB是一个面向对象数据库，一个真正透明的对象持久层。利用一行简单的代码就能够持久化native object。ODB非常简单、非常快并自带强大查询语言。ODB既可以做为一个内嵌数据库引擎使用，也可以以C/S模式运行。
BaseX是一个原生XML数据库。它具有简洁的存储结构，高效的XPath和XQuery实现和一个用于操作存储数据的可视化前台操作界面。
FeatherDB是一个采用Java开发基于JSON的Document数据库，是CouchDB的一个克隆。它拥有一个完整的HTTP/REST接口，支持通过Java类或JavaScript（使用java6的JavaScript支持）实现查询。FeatherDB使用嵌入的Jetty HTTP服务器来处理所有交互。
hamsterdb-java是hamsterdb嵌入式数据库的一个Java封装。hamsterdb是一个采用C开发，非常快，轻量级的嵌入式数据库引擎。
Neo是一个图形数据库（graph database）。它是一个可嵌入，基于磁盘的Java持久化引擎，其数据存储采用图形结构来代替表格。一张graph就是一种网状的结构图更适合于敏捷、快速开发。特性：能够以直观，面向图形的方式展示数据，网状结构图由节点，关联和属性组成。Neo...
MyOODB是一个面向对象数据库,真正快速的分布式数据库,支持真正的分布式对象,支持真正的分布式事务,支持隐式/显式事务, 支持无缝高速Web服务访问,支持数据库自我恢复,支持多个并发嵌套事务并且数据库大小只占磁盘很小的空间。集合MyOOWEB和MyOOSDK能为开发快速，很小...
Axion是一个小型,快速,开源的关系型数据库系统(RDBMS)支持标准SQL与JDBC。它主要应用在Java程序中。
完全原生于Java和.NET 100% 面向对象, 抛开对象-关系映射 为嵌入式应用优化 开源,可以基于GPL协议免费使用. 中文资源社区：http://www.db4o.com/china?src=cn
BlockFile一个100%纯Java，轻量级，单个文件嵌入式数据库。它的功能介于SQLite与BerkeleyDB之间。专门为PDA和Mobile应用程序而开发。
H2是一个采用Java开发开源的嵌入式SQL数据库。它支持集群，提供JDBC和部分ODBC API,采用C/S模型。它还包括一个用于管理数据库的Web客户端。
RETE-DB是一个可定制多用户Web数据库。RETE-DB与其它多功能的internet数据库相比较Speed,security和scalability是它显著的优点。 RETE-DB的特点包括： 基于Group的访问控制思想。 安全性：可对每一条记录，每一个字段定义访问权限。 快速:经测试当处...
Perst是一个简单，快速，便捷，面向对象适合Java与.NET的数据库。Perst不需要专门的编译器或与预处理器，并且支持ACID事务。
SmallSQL是一个100%纯Java的DBMS,一个用于Java桌面应用程序的嵌入式关系型数据库。它有一个JDBC3.0接口并提供许多ANSI SQL92和ANSI SQL99特性。SmallSQL非常小而且快速因为它没有网络接口。