Mondrian:Mondrian是一个OLAP数据库.它实现了MDX语言,XML解析,JOLAP规范.它从SQL和其它数据源读取数据并把这数据聚集在内存缓存中.

JDOInstruments:JDOInstruments是一个用Java开发的嵌入式面向对象数据库.它还实现了Sun的JDO规范用于Java对象的透明持久化.它可运行在windows2000, windows2003 64bits,和Linux(Fedora Core2)平台上.

Ashpool:Ashpool是一个Java开发的轻量级XML数据库。它的目的是可以使用标准的SQL92语法通过一个JDBC驱动来查询，新增，更新和删除XML文档.

Axion:Axion是一个小型,快速,开源的关系型数据库系统(RDBMS)支持标准SQL与JDBC。它主要应用在Java程序中。

dbXML:dbXML是一个Native XML数据库.它能够索引和存储XML文档集合.这个服务器还以脚本,类和触发器的形式来提供商业逻辑.

SQLJet:SQLJet是一个采用纯Java实现的SQLite数据库。数据库格式与SQLite3.6相兼容。并提供API让Java程序可以创建、读取和修改SQLite数据库。

FeatherDB:FeatherDB是一个采用Java开发基于JSON的Document数据库，是CouchDB的一个克隆。它拥有一个完整的HTTP/REST接口，支持通过Java类或JavaScript（使用java6的JavaScript支持）实现查询。FeatherDB使用嵌入的Jetty HTTP服务器来处理所有交互。

Berkeley DB JE:Berkeley DB JE是一个高性能的事务存储引擎完全利用Java开发.Berkeley DB JE在应用程序的地址空间(address space)上执行,不需要进行服务端与客户端的通讯.它应用程序的原生格式来存储格数据所以不需要在运时期进行数据的转换.Berkeley DB JE完全支持ACID事务与恢复.

Itzam/Java:Itzam/Java是嵌入式数据库引擎Itzam的一个纯Java实现。它能够操作由Itzam/Core创建的文件。虽然Itzam/Core是用C++和Python等语言编写的基本封装，但Itzam/Java也兼容由这些语言编写的类库。

NeoDatis ODB:NeoDatis ODB是一个面向对象数据库，一个真正透明的对象持久层。利用一行简单的代码就能够持久化native object。ODB非常简单、非常快并自带强大查询语言。ODB既可以做为一个内嵌数据库引擎使用，也可以以C/S模式运行。