InfoGrid: InfoGrid is a Web Graph Database with a many additional software components that make the development of REST-ful web applications on a graph foundation easy.InfoGrid is open source, and is being developed in Java as a set of projects:

JDOInstruments:JDOInstruments是一个用Java开发的嵌入式面向对象数据库.它还实现了Sun的JDO规范用于Java对象的透明持久化.它可运行在windows2000, windows2003 64bits,和Linux(Fedora Core2)平台上.

JODB:JODB是一个面向对象开源数据库。该数据库使用缓存机制来避免占用太多内存。在查询时也尽可能减少实例化对象以避免进行过多地垃圾收集。

db4o:完全原生于Java和.NET 100% 面向对象, 抛开对象-关系映射 为嵌入式应用优化 开源,可以基于GPL协议免费使用.
中文资源社区：http://www.db4o.com/china?src=cn

Berkeley DB JE:Berkeley DB JE是一个高性能的事务存储引擎完全利用Java开发.Berkeley DB JE在应用程序的地址空间(address space)上执行,不需要进行服务端与客户端的通讯.它应用程序的原生格式来存储格数据所以不需要在运时期进行数据的转换.Berkeley DB JE完全支持ACID事务与恢复.

Neo:Neo是一个图形数据库（graph database）。它是一个可嵌入，基于磁盘的Java持久化引擎，其数据存储采用图形结构来代替表格。一张graph就是一种网状的结构图更适合于敏捷、快速开发。特性：能够以直观，面向图形的方式展示数据，网状结构图由节点，关联和属性组成。Neo能够在单一计算机上处理几十亿个节点，关联和属性。一个强大的横向移动框架能够在节点空间中快速横向移动。整个Neo大小还不到500k。拥有简单、便利、面向对象的API。此外Neo包括一些数据库固有的特性：ACID事务支持，数据持久化, 并行控制, 事务恢复等。

HSQLDB:HSQLDB(Hypersonic SQL)是纯Java开发的关系型数据库,并提供JDBC驱动存取数据。支持ANSI-92 标准 SQL语法。而且他占的空间很小。大约只有160K,拥有快速的数据库引擎。

Apache Xindice:Apache Xindice也是一个Native-XML数据库(NXD).Xindice 提供了命令行界面来管理数据库。Xindice使用XPath做为它的查询语言与XML:DB XUpdate做为它的更新语言.

Apache Derby:Apache Derby 是一种高质量的、纯 Java™ 的嵌入式关系数据库引擎，IBM® 最近已将其捐献给开放源码社区。Derby 数据库基于文件系统，具有高度的可移植性，并且是轻量级的，这使得它非常便于发布。

Mckoi DataBase:McKoiDB 是GPL 的license, 是由纯Java开的数据库。他的 JDBC Driver 是使用 JDBC version 3 的 Spec. 他也是遵循 SQL-92 的标准, 也尽量支持新的 SQL 特色, 并且支持 Transaction 的功能.