eXist:eXist是一个开源的native XML数据库.它有依据索引的XQuery处理程序,可以自动进行索引,扩展的全文本搜索,XUpdate支持并且它与现存的XML开发工具可以紧密的结合在一起.

JODB:JODB是一个面向对象开源数据库。该数据库使用缓存机制来避免占用太多内存。在查询时也尽可能减少实例化对象以避免进行过多地垃圾收集。

Ashpool:Ashpool是一个Java开发的轻量级XML数据库。它的目的是可以使用标准的SQL92语法通过一个JDBC驱动来查询，新增，更新和删除XML文档.

InfoGrid: InfoGrid is a Web Graph Database with a many additional software components that make the development of REST-ful web applications on a graph foundation easy.InfoGrid is open source, and is being developed in Java as a set of projects:

Axion:Axion是一个小型,快速,开源的关系型数据库系统(RDBMS)支持标准SQL与JDBC。它主要应用在Java程序中。

db4o:完全原生于Java和.NET 100% 面向对象, 抛开对象-关系映射 为嵌入式应用优化 开源,可以基于GPL协议免费使用.
中文资源社区：http://www.db4o.com/china?src=cn

Apache Derby:Apache Derby 是一种高质量的、纯 Java™ 的嵌入式关系数据库引擎，IBM® 最近已将其捐献给开放源码社区。Derby 数据库基于文件系统，具有高度的可移植性，并且是轻量级的，这使得它非常便于发布。

SQLJet:SQLJet是一个采用纯Java实现的SQLite数据库。数据库格式与SQLite3.6相兼容。并提供API让Java程序可以创建、读取和修改SQLite数据库。

dbXML:dbXML是一个Native XML数据库.它能够索引和存储XML文档集合.这个服务器还以脚本,类和触发器的形式来提供商业逻辑.

HBase:HBase是一个分布式的、面向列的开源数据库，该技术来源于Chang et al所撰写的Google论文“Bigtable：一个结构化数据的分布式存储系统”。就像Bigtable利用了Googl文件系统（File System）所提供的分布式数据存储一样，HBase在Hadoop之上提供了类似于Bigtable的能力。HBase是Apache的Hadoop 项目的子项目。HBase不同于一般的关系数据库,它是一个适合于非结构化数据存储的数据库.另一个不同的是HBase基于列的而不是基于行的模式。 HBase使用和Bigtable非常相同的数据模型。用户存储数据行在一个表里。一个数据行拥有一个可选择的键和任意数量的列。表是疏松的存储的，因此用户可以给行定义各种不同的列。HBase主要用于需要随机访问，实时读写你的大数据（Big Data）。