Ozone:ozone是一个面向对象的数据库管理系统完全用Java实现.ozone项目的目的是让开发者可以构建一个纯面向对象,纯Java的数据库应用程序.ozone还可以用来存储XML,可以用任XML工具来访问这些数据.

eXist:eXist是一个开源的native XML数据库.它有依据索引的XQuery处理程序,可以自动进行索引,扩展的全文本搜索,XUpdate支持并且它与现存的XML开发工具可以紧密的结合在一起.

InfoGrid: InfoGrid is a Web Graph Database with a many additional software components that make the development of REST-ful web applications on a graph foundation easy.InfoGrid is open source, and is being developed in Java as a set of projects:

One$DB:Daffodil DB Java嵌入式数据库是一个独立平台且功能丰富的Java关系数据库管理系统。能提供多级连接是针对嵌入式的Java应用程序而设计。Daffodil DB嵌入式数据库可以在Java程序内直接集成，并且对终端用户是完全透明的。Daffodil DB 嵌入式数据库版本具有微小的内存耗用，提供全面的安全功能且无需管理。Daffodil DB嵌入式数据库版可与SQL 99, JDBC 3.0 和 J2EE标准兼容。

BaseX:BaseX是一个原生XML数据库。它具有简洁的存储结构，高效的XPath和XQuery实现和一个用于操作存储数据的可视化前台操作界面。

HBase:HBase是一个分布式的、面向列的开源数据库，该技术来源于Chang et al所撰写的Google论文“Bigtable：一个结构化数据的分布式存储系统”。就像Bigtable利用了Googl文件系统（File System）所提供的分布式数据存储一样，HBase在Hadoop之上提供了类似于Bigtable的能力。HBase是Apache的Hadoop 项目的子项目。HBase不同于一般的关系数据库,它是一个适合于非结构化数据存储的数据库.另一个不同的是HBase基于列的而不是基于行的模式。 HBase使用和Bigtable非常相同的数据模型。用户存储数据行在一个表里。一个数据行拥有一个可选择的键和任意数量的列。表是疏松的存储的，因此用户可以给行定义各种不同的列。HBase主要用于需要随机访问，实时读写你的大数据（Big Data）。

Emdros:Emdros是一个text数据库可以用来分析/注解(analyzed/annotated)文本.Emdros有自己的强大查询语言用来进行查询,新增,修改,删除操作.

Apache Xindice:Apache Xindice也是一个Native-XML数据库(NXD).Xindice 提供了命令行界面来管理数据库。Xindice使用XPath做为它的查询语言与XML:DB XUpdate做为它的更新语言.

QED:QED(Quadcap Embeddable Database)是一个速度快，但很小的纯java关系型数据库。支持SQL92标准，支持事务回滚。QED可以任意免费使用。

Perst:Perst是一个简单，快速，便捷，面向对象适合Java与.NET的数据库。Perst不需要专门的编译器或与预处理器，并且支持ACID事务。