Apache Derby:Apache Derby 是一种高质量的、纯 Java™ 的嵌入式关系数据库引擎，IBM® 最近已将其捐献给开放源码社区。Derby 数据库基于文件系统，具有高度的可移植性，并且是轻量级的，这使得它非常便于发布。

JDOInstruments:JDOInstruments是一个用Java开发的嵌入式面向对象数据库.它还实现了Sun的JDO规范用于Java对象的透明持久化.它可运行在windows2000, windows2003 64bits,和Linux(Fedora Core2)平台上.

hamsterdb-java:hamsterdb-java是hamsterdb嵌入式数据库的一个Java封装。hamsterdb是一个采用C开发，非常快，轻量级的嵌入式数据库引擎。

Berkeley DB JE:Berkeley DB JE是一个高性能的事务存储引擎完全利用Java开发.Berkeley DB JE在应用程序的地址空间(address space)上执行,不需要进行服务端与客户端的通讯.它应用程序的原生格式来存储格数据所以不需要在运时期进行数据的转换.Berkeley DB JE完全支持ACID事务与恢复.

yaRDBMS:yaRDBMS (yet another relational database management system) 也是一个基于java的关系型数据库。支持事务，查询优化，灾难性恢复，索引支持。

Neo:Neo是一个图形数据库（graph database）。它是一个可嵌入，基于磁盘的Java持久化引擎，其数据存储采用图形结构来代替表格。一张graph就是一种网状的结构图更适合于敏捷、快速开发。特性：能够以直观，面向图形的方式展示数据，网状结构图由节点，关联和属性组成。Neo能够在单一计算机上处理几十亿个节点，关联和属性。一个强大的横向移动框架能够在节点空间中快速横向移动。整个Neo大小还不到500k。拥有简单、便利、面向对象的API。此外Neo包括一些数据库固有的特性：ACID事务支持，数据持久化, 并行控制, 事务恢复等。

Itzam/Java:Itzam/Java是嵌入式数据库引擎Itzam的一个纯Java实现。它能够操作由Itzam/Core创建的文件。虽然Itzam/Core是用C++和Python等语言编写的基本封装，但Itzam/Java也兼容由这些语言编写的类库。

Metanotion BlockFile:BlockFile一个100%纯Java，轻量级，单个文件嵌入式数据库。它的功能介于SQLite与BerkeleyDB之间。专门为PDA和Mobile应用程序而开发。

Ashpool:Ashpool是一个Java开发的轻量级XML数据库。它的目的是可以使用标准的SQL92语法通过一个JDBC驱动来查询，新增，更新和删除XML文档.

Apache Xindice:Apache Xindice也是一个Native-XML数据库(NXD).Xindice 提供了命令行界面来管理数据库。Xindice使用XPath做为它的查询语言与XML:DB XUpdate做为它的更新语言.