JDOInstruments:JDOInstruments是一个用Java开发的嵌入式面向对象数据库.它还实现了Sun的JDO规范用于Java对象的透明持久化.它可运行在windows2000, windows2003 64bits,和Linux(Fedora Core2)平台上.

Berkeley DB JE:Berkeley DB JE是一个高性能的事务存储引擎完全利用Java开发.Berkeley DB JE在应用程序的地址空间(address space)上执行,不需要进行服务端与客户端的通讯.它应用程序的原生格式来存储格数据所以不需要在运时期进行数据的转换.Berkeley DB JE完全支持ACID事务与恢复.

FlockDB: FlockDB是一个存储图数据的分布式数据库，图数据库的存储对象是数学概念图论里面的图，而非图片。Twitter使用它来存储人与人之间的关系图，这些关系包括：你在关注谁，谁在关注你，谁给你留了电话提醒等。FlockDB可用于支持：高速增/册/改操作。在线数据迁移。对包含数百万条目的查询结果进行分页。超大规模邻接矩阵查询。将数据进行归档，允许之后被恢复。

Axion:Axion是一个小型,快速,开源的关系型数据库系统(RDBMS)支持标准SQL与JDBC。它主要应用在Java程序中。

Apache Xindice:Apache Xindice也是一个Native-XML数据库(NXD).Xindice 提供了命令行界面来管理数据库。Xindice使用XPath做为它的查询语言与XML:DB XUpdate做为它的更新语言.

HSQLDB:HSQLDB(Hypersonic SQL)是纯Java开发的关系型数据库,并提供JDBC驱动存取数据。支持ANSI-92 标准 SQL语法。而且他占的空间很小。大约只有160K,拥有快速的数据库引擎。

HBase:HBase是一个分布式的、面向列的开源数据库，该技术来源于Chang et al所撰写的Google论文“Bigtable：一个结构化数据的分布式存储系统”。就像Bigtable利用了Googl文件系统（File System）所提供的分布式数据存储一样，HBase在Hadoop之上提供了类似于Bigtable的能力。HBase是Apache的Hadoop 项目的子项目。HBase不同于一般的关系数据库,它是一个适合于非结构化数据存储的数据库.另一个不同的是HBase基于列的而不是基于行的模式。 HBase使用和Bigtable非常相同的数据模型。用户存储数据行在一个表里。一个数据行拥有一个可选择的键和任意数量的列。表是疏松的存储的，因此用户可以给行定义各种不同的列。HBase主要用于需要随机访问，实时读写你的大数据（Big Data）。

db4o:完全原生于Java和.NET 100% 面向对象, 抛开对象-关系映射 为嵌入式应用优化 开源,可以基于GPL协议免费使用.
中文资源社区：http://www.db4o.com/china?src=cn

yaRDBMS:yaRDBMS (yet another relational database management system) 也是一个基于java的关系型数据库。支持事务，查询优化，灾难性恢复，索引支持。

BaseX:BaseX是一个原生XML数据库。它具有简洁的存储结构，高效的XPath和XQuery实现和一个用于操作存储数据的可视化前台操作界面。