Debian GNU/Linux 依照 文件系统层次标准 (Filesystem Hierarchy Standard) 安排文件以及文件命名。这个标准允许用户以及软件程序预测文件以及目录的位置。根层次目录只是简单表现为 /。 在根层次，所有的 Debian 系统包括这些目录：
| 目录 | 内容 |
|---|---|
| bin | 基础命令执行文件 |
| boot | 引导装载器的静态链结文件 |
| dev | 设备文件 |
| etc | 主机特定的系统配置 |
| home | 用户活动目录 |
| lib | 基本共享库以及内核模块 |
| mnt | 用于临时挂接一个文件系统 |
| proc | 系统信息的虚拟目录 |
| root | 根用户的活动目录 |
| sbin | 基本的系统级程序 |
| tmp | 临时文件 |
| usr | 第二层次 |
| var | 活动数据 |
| opt | 附加的应用程序软件包 |
接下来是一个有关目录和分区的重要考虑列表。
根分区 / 必须总是物理地包含 /etc， /bin，/sbin， /lib 以及 /dev，否则你将不能引导。 通常 root 分区需要100MB大小空间但是可能会有变化。
/usr：所有的用户程序 (/usr/bin)， 库文件 (/usr/lib)，文档 (/usr/share/doc)，等等在这个目录下面，这个部分的文件系统 需要最多的空间。你需要提供至少500MB磁盘空间。如果你想安装更多的软件包你应该给这个磁盘 容量。
/home：每个用户将放置他们的数据到这个目录的子目录下。其大小取决于 有多少用户将使用系统并且什么文件放在他们的目录下。取决于你计划的 使用量你应该为每个用户准备100MB空间 不过这个值应该迎合你的需求。
/var：所有的变量数据比如新的文章，电子邮件，网页，软件包系统的 缓存等等将被放置入这个目录。这个目录的大小取决于你对计算机的使用，但是对于大多数人来说将主要用在 软件包系统的管理工具。如果你准备做一个完全的安装包含 Debian 提供的所有程序， 2到3GB的空间在 /var 下面应该满足需求。如果你准备逐次安装 (安 装服务程序和工具，然后是文本处理工具，然后是 X ，你可以准备 300 - 500 MB 在 /var 下。如果硬盘驱动空间很紧张并且你不准备做主要的系统升级，你可以 配置 /var 为 30-40MB 大小。
/tmp：如果一个程序会临时创建数据它很可能会放置 /tmp 中。一般 20-50 MB 应该足够使用。