以PHP for Apache as CGI binary方式为例，我喜欢用这种方式。
以安装目录c:php为例;

[1]将原先的php安装目录删除，解压php-5.0.0-Win32.zip到c:php
重命名php.ini-dist为php.ini(跟php4一样)

[2]修改Apache的httpd.conf文件。将原有跟php4邦定的语句删除。
用以下这几行代替：
ScriptAlias /php/ "c:/php/"
AddType application/x-httpd-php .php
Action application/x-httpd-php "/php/php-cgi.exe"

[3]修改php.ini中，去掉extension=php_mysql.dll前面“；”，默认是有的!

如果是PHP for Apache as module道理也一样。
修改Apache的httpd.conf
LoadModule php5_module c:/php/php5apache.dll
AddModule mod_php5.c
AddType application/x-httpd-php .php
不过这种方式得拷贝所有的dll文件到c:winntsystem32,php.ini跟php.exe到winnt

以上两种方式都试过。php4写的程序都能运行！

[以下为冰流星补充]
对于apache2的设置：
1、不要AddModule mod_php5.c
2、LoadModule php5_module c:/php/php5apache2.dll，是php5apache2.dll
3、需要将php目录下的dll文件（以下文件不必复制：php5activescript.dll、php5apache.dll、 php5apache_hooks.dll、php5apache2.dll、php5isapi.dll、php5nsapi.dll）复制到上述所说的目录（98、me是system）下

Windows版的PHP5和PHP4相比，安装更多的考虑到以后的可升级性，安装PHP5时建议安装在没有空格的目录名下，以免出现错误，以下是Windows版PHP5的安装手册：

1。php4ts.dll/php5ts.dll：对php4ts.dll/php5ts.dll的路径说明也比较清晰而且更加利于将来的升级：第一种法案就是老的copy到系统目录，第二种方案就是添加PHP4/5到%PATH%中去(我这个懒人，在PHP4时就独辟蹊径的喜欢这么搞，因为这样做是符合windows查找文件时搜索路径的顺序(.->%PATH%)。

2。PHP.ini:出于安全和效率的考虑，建议使用php.ini-recommended作为php.ini的蓝本,而不要使用php.ini -dist。同时PHP.ini的查找路径也不再限于PHP4时代的%SystemRoot%下了，PHP5按照以下路径查找PHP.ini：

     * PHPIniDir (Apache 2 module only)
     * 注册表键值：HKEY_LOCAL_MACHINESOFTWAREPHPIniFilePath
     * 环境变量:%PHPRC%
     * PHP5的目录 (for CLI), 或者web服务器目录(for
       SAPI modules)
     * Windows目录(C:windows or C:winnt)
这五个方案中，配合Apache2时最好使用PHPIniDir，其次是使用%PHPRC%环境变量，另外，NTFS上记得给服务器开PHP.ini的读权限。

 

3.配置web服务器：
   对于IIS，以IIS的ISAPI模块运行PHP：
        1.在系统变量中添加%PHPRC%变量，取值为你的php.ini所在的目录(
比如在PHP5安装目录下。
       2.为了使用HTTP Authentication，在ISAPI Filters上添加一个属性
为php5isapi.dll的PHP筛选器，如果不使用HTTP Authentication，可以不管这一步。
       3.在主目录选项卡，点击配置，应用程序映射新建扩展名为.php并且可执行文件为php5isapi.dll。
       4.好了，重新启动IIS，写个测试。


   对于Apache，我一直都喜欢 以Apache的模块运行PHP
 1.编辑httpd.conf
 # LoadFile "e:/Apache/php4ts.dll"
 # LoadModule php4_module modules/php4apache.dll

 #加载php5ts.dll，这无论是apache还是IIS都必须以来的链接库
 LoadFile "E:/PHP5/php5ts.dll"

 #加载php5的apache模块
 LoadModule php5_module "E:/PHP5/php5apache.dll"

 #设置PHPRC变量,以提供给PH5查找配置文件PHP.ini,就无需在跑到%SystemRoot%下去找php.ini了
 SetEnv PHPRC "E:/PHP5"

 #注意，如果定义了ClearModuleList指令,则添加如下语句,如果没有则无须添加，我当初没有
 #添加该行 ,结果将测试用的phpinfo.php的源码给下载下来了
 AddModule mod_php5.c

 #为了兼容添加php3和php4的类型
 AddType application/x-httpd-php .php
 AddType application/x-httpd-php .php3
 AddType application/x-httpd-php .php4
 2.重新启动apache(NET STOP apache && net start apache)，写个测试。

4.额外的配置
为了更好的配置php5,还需要根据个人需要重新编辑你的php.ini:
 比如需要使用smart和pear ，则需要更改的是:
 include_path = ".;E:/PHP5/Smarty;E:/PHP5/PEAR"
 另外php5再也不像php4那样内置了对mysql和ODBC的支持了，而是只内置对ODBC
进行支持，所以如果需要使用Mysql数据库的话，还要设置extension_dir(php_mysql.dll)的目录以及用
extension加载php_mysql.dll

 #修改extension_dir为：
 extension_dir = "E:/PHP5/ext"
 #删除extension=php_mysql.dll前的;,以加载php_mysql.dll
 extension=php_mysql.dll
差不多就这些了。