在保证系统安全时，加密算法与协议通常是必需的，特别是在通过Internet一类不可靠网络进行通信时。如果可能，使用过程加密来防止过程拦截，并隐藏认证信息，这样还同时支持了对隐私的保护。
要使加密算法与协议变得正确是困难的，所以不要创建自己的加密算法与协议。作为替代，应当使用现有的遵从标准的协议，如SSL、SSH、IPSec、GnuPG/PGP和Kerberos。只使用公开发表并经受了多年攻击考验的加密算法（比如三重DES，它还不受专利的困扰）。特别是不要创建你自己的加密算法，除非你是密码学专家而且知道自己在做什么；创建这样的算法是专家才能胜任的工作。
与之相关的一个注意事项是，如果必须创建自己的通信协议，应该检查一下此前出现过什么问题。Bellovin [1989]对TCP/IP协议族安全问题的评论一类的经典文献可能会有所帮助，同样的文献还有Bruce Schneier [1998]和Mudge对Microsoft的PPTP实现的破坏以及随后的工作。当然，要确保任何新的协议都接受了广泛的审阅，并尽量重用已有的工作。
对于背景信息和代码，可能应该看一下经典文献“应用密码学”[Schneier 1996]。Linux特有的资源包括Linux加密HOWTO http://marc.mutz.com/Encryption-HOWTO/。