用最好的方式给磁盘分区不容易，而且，没有一个通用的正确方法，这包括很多因素。
传统的方法是有个(相对)小的根文件系统，包括 /bin , /etc , /dev , /lib , /tmp , 和其他系统启动和运行需要的东西。 这种方法，根文件系统(在它自己的分区或硬盘上)是所有系统启动需要的东西。 理由是如果根文件系统小而不常用，系统崩溃时它就不太容易损坏，而且崩溃 时也易于修复。然后给/usr 目录树、 用户主目录(经常在/home )、对换空 间产生单独的分区或使用单独的硬盘。分离的用户主目录(存用户文件)在其自己 的分区中易于备份，因为一般无须备份程序(/usr 中)。 网络环境中，这样可以使多台计算机共享/usr (例如使用NFS) 这样每台机器可以节约数十、数百兆的磁盘空间。
多分区的问题是将整个磁盘的空闲空间分割成若干小片。现在，由于磁盘和操作系统已经很可靠， 许多人更倾向与一个分区存所有文件。当然，这样可能比备份、回存小分区痛苦些。
对于小硬盘(假设你不做核心开发)，最好的方法可能是只要一个分区。 对于大硬盘，分几个大分区可能更好。尤其在某种情况下出现错误时。 (注意这里说的小和大是相对的，根据你对磁盘空间的需求而言。)
如果你有多个硬盘，你可能想让根文件系统(包括/usr ) 在一个上，而用户主目录在另一个上。
最好准备尝试几个不同的分区方案(over time, not just while first installing the system)。 这有些工作量，因为这其实是从头安装系统若干遍，但这是确认正确的唯一方法。