文件写到磁盘时，不一定在连续的块中。没在连续块中的文件叫碎片。 因为磁盘的读写头回更多地移动，读碎片文件会花较长的时间。 虽然如果有好的读前缓冲系统不会有什么问题，但最好还是避免碎片。
Ext2文件系统试图使碎片最少，即使不能将一个文件的所有块存在连续扇区中，也尽量靠近。 Ext2通常有效地安排里文件其他块最近的空闲块，因此很少需要关心碎片问题。 Ext2文件系统有一个消除碎片程序，请看参考书目中的 [TV]。
有许多MSDOS消碎片程序在文件系统中移动块以消除碎片。其他一些文件系统，消碎片必须通过备份-重产生-回存文件系统来完成。 对于所有文件系统，消碎片应该备份文件系统，因为很多原因可能在消碎片过程中导致错误。