/usr 目录是应用程序主要存放的目录。该目录中的二进制文件对系统启动和维护并非必要，因此整个 /usr 目录结构常会被存放到另一个分离的文件系统中。因为其(通常)具有很大的容量，/usr 有其自己的子目录结构。在此，我们将介绍其中的几个：
/usr/X11R6：整个 X Window 系统 目录层次结构。X (包括 X 服务器)运行需要的全部二进制文件和库文件必须存放于此。/usr/X11R6/lib/X11 目录保存了关于 X 各个不同方面的配置，并且并不随计算机的不同而改变。某个计算机特定的配置位于 /etc/X11。
/usr/bin：包含了很大一部分的系统二进制文件。任何非系统维护必需的以及非系统管理程序一定位于该目录中。唯一的例外是您自己编译并安装的程序，而它们一定位于 /usr/local。
/usr/lib：包含运行 /usr/bin 和 /usr/sbin 中程序所必需的库文件。其中还有一个指向 /usr/X11R6/lib 的符号链接 /usr/lib/X11，如果安装了 X，则该目录中包含了 X Window 系统 的库文件[18]。
/usr/share：该目录包含 /usr 中的应用程序需要的所有只读、与硬件架构无关的数据。其中包括时区和地区信息(zoneinfo 和 locale)。