假设你已经安装了 MySQL 并且已经修改了 my.cnf 包含了必要的 InnoDB 参数设置 。在启动 MySQL 之前必须检查为InnoDB 指定的数据与日志文件路径是否存在以及在 这些目录上有足够的权限。InnoDB 不会自己建立目录，只能建立文件。同时检查是否有足够的磁盘空间存放数据与日志文件。
当创建一个 InnoDB 数据库时最好以命令行方式来运行 MySQL 服务 mysqld ，而不是从 safe_mysqld 或 Windows 服务。当从命令行方式运行服务时可以看到建立过程。
现在运行 MySQL 服务，InnoDB 将建立数据文件和日志文件。InnoDB 将显示下列所示的信息：
heikki@donna:~/mysql-3.23.48/sql> mysqld 020204 23:17:12 InnoDB: The first specified data file /dr2/tmp/heikki/data/ibdata1 did not exist: InnoDB: a new database to be created! InnoDB: Setting file /dr2/tmp/heikki/data/ibdata1 size to 20 MB InnoDB: Database physically writes the file full: wait... 020204 23:17:16 InnoDB: Data file /dr2/tmp/heikki/data/ibdata2 did not exist: new to be created InnoDB: Setting file /dr2/tmp/heikki/data/ibdata2 size to 200 MB InnoDB: Database physically writes the file full: wait... 020204 23:17:41 InnoDB: Data file /dr2/tmp/heikki/data/ibdata3 did not exist: new to be created InnoDB: Setting file /dr2/tmp/heikki/data/ibdata3 size to 1000 MB InnoDB: Database physically writes the file full: wait... 020204 23:21:37 InnoDB: Log file ./ib_logfile0 did not exist: new to be created InnoDB: Setting log file ./ib_logfile0 size to 10 MB InnoDB: Database physically writes the file full: wait... 020204 23:21:39 InnoDB: Log file ./ib_logfile1 did not exist: new to be created InnoDB: Setting log file ./ib_logfile1 size to 10 MB InnoDB: Database physically writes the file full: wait... 020204 23:21:41 InnoDB: Log file ./ib_logfile2 did not exist: new to be created InnoDB: Setting log file ./ib_logfile2 size to 10 MB InnoDB: Database physically writes the file full: wait... InnoDB: Doublewrite buffer not found: creating new InnoDB: Doublewrite buffer created InnoDB: Creating foreign key constraint system tables InnoDB: Foreign key constraint system tables created 020204 23:21:45 InnoDB: Started mysqld: ready for connections
现在一个新的 InnoDB 数据库被建立了。你可以通过
MySQL 的客户端程序(比如 mysql)连接 MySQL 服务器。当通过 mysqladmin shutdown
关闭 MySQL 服务时，InnoDB 输出如下所示：
020204 23:34:45 mysqld: Normal shutdown 020204 23:34:45 InnoDB: Starting shutdown... 020204 23:34:47 InnoDB: Shutdown completed 020204 23:34:47 mysqld: Shutdown Complete
现在你可以看到数据文件与日志文件已被建立。在日志文件目录下也会包含一个句为 ib_arch_log_0000000000 的小文件。这是当 InnoDB 的日志存档(log archiving)开关关闭后，数据库建立后形成的文件。 当 MySQL 再次启动时，屏幕显示所下所示：
heikki@donna:~/mysql-3.23.48/sql> mysqld 020204 23:34:27 InnoDB: Started mysqld: ready for connections
如果 InnoDB 显示一个文件操作的操作系统错误，请查看第 13.2 节 错误代码的含义。常见的错误如下：
innodb_data_home_dir
或 innodb_data_file_path 中设置语法出错。如果在 InnoDB 数据库创建时发生了一个错误，你必须删除所有 InnoDB 创建的文件。 这就意味着所有的数据文件、所有的日志文件、日志存档文件，如果你已经建立了一些 InnoDB 表，必须删除 MySQL 数据目录下相应的 “.frm”文件。然后可以再尝试建立 InnoDB 数据库。最好以命令行方式启动 MySQL 服务，从而可以看到建立过程。
通常在关闭计算机之前你必须先关闭数据库服务。在命令行方式下输入
mysqladmin shutdown 可以以服务。
在 Windows NT 和 2000 下可以将
MySQL 服务安装为 Windows 系统服务。这样在计算机启动时 MySQL 服务会自动启动或在命令行方式下输入 MS-DOS 命令 NET
START MySQL 或从操作系统的服务菜单中启动。
如果以系统服务方式运行 MySQL，可以通过 MS-DOS的
NET STOP MySQL 命令或操作系统的服务菜单中关闭服务。你同样可以让操作系统退出前自动关闭 MySQL。在低于 MySQL
3.23.47 版本的系统中，Windows 操作系统仅仅只等待一段时间让 InnoDB 完全关闭，如果限止时间超过将杀死数据服务线程。那在下一次 InnoDB
启动不得不不进行一个崩溃修复。从 MySQL version 3.23.48 开始，操作系统将等待 InnoDB 完全关闭。
如果你的操作系统没有为 InnoDB 完全关闭提供足够的时间，最安全的办法就是在
MS-DOS 命令行下运行 MySQL 服务，并用 mysqladmin shutdown 关闭服务。
在 Windows NT (但 Windows
2000 无些问题)下，当计算机关闭时，有一个可能发生的问题就是 Windows NT 默认等待 20 秒以关闭一个服务，服务未能关闭将杀死服务线程。可以通过运行注册表编辑器
\winnt\system32\regedt32.exe 来修改 HKEY_LOCAL_MACHINE\SYSTEM\CurrentControlSet\Control
中的 WaitToKillServiceTimeout 键值以增加这个默认值。以毫秒为单位给定一个更大的值。